Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg

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MLU Halle-Wittenberg, IAEW
AG Biometrie und Agrarinformatik
Dr. Thomas Schmutzer

Telefon: +49 (0) 345 55 22 692

Raum E.05
Karl-Freiherr-von-Fritsch-Str. 4
06120 Halle

ORCID:
http://orcid.org/0000-0003-1073-6719

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Dr. Thomas Schmutzer

Dr. Thomas Schmutzer

Wissenschaftler in der Arbeitsgruppe Biometrie und Agrarinformatik, die der Professur für Pflanzenzüchtung zugeordnet ist. Als Postdoc und Bioinformatiker mit Expertise in der Datenanalyse im ‚High-Throughput Sequencing' (HTS) für die Pflanzen- und Agrargenomik, habe ich meinen Fokus in den vergangenen Jahren der Genomforschung gewidmet. Ein Schwerpunkt galt hierbei den Kulturpflanzen Gerste, Roggen und Raps. Aktuell unterstütze ich die Auswertung von HTS-Daten (z.B. Exome capture, RNA-Seq oder SNP Genotyping) in Projekten zu den HEB-25 und WM800 Populationen von Gerste bzw. Weizen oder begleite die Analysen in Forschungskooperationen innerhalb (z.B. mit dem ZNS) und außerhalb (z.B. IPK Gatersleben) der MLU. Als Dozent bin ich in die Lehre für BSc und MSc Studenten der Agrarwissenschaft eingebunden.

Forschungsinteressen

  • Genom & Transkriptom Analysen
  • Single Cell RNA-seq Analysen
  • Oxford Nanopore Long-Read Sequenzierung
  • Diversitätsanalyse & Entwicklung von Marker-Assays
  • Datenvisualisierung

Projekte und Publikationen

Abschlussarbeiten für Studierende

Themen für Master- & Bachelorarbeit (Datenanalyse)

Sie sind technisch versiert, interessiert an Sequenziertechnologien und besitzen Erfahrung in der Progammierung (z.B. Python, R, Perl). Noch dazu sind Sie begeisterungsfähig, hochmotiviert und suchen ein anspruchsvolles Thema für ihre Abschlussarbeit? Wir haben verschiedene Fragestellungen im Bereich der Long-Read Sequenzierung mittels Oxford Nanopore Technologie (z.B. Detektion struktureller Variationen, neuartiger Transkripte oder Haplotypbildung). Für weitere Informationen nehmen Sie gern in Kontakt mit uns auf (Email: ). Unser MinION wartet!

Lehrtätigkeit

ZeitraumModulSWS
seit Wintersemester 2017/18Biometrie III und Grundlagen der Genominformatik
(M. Sc. Agrarwissenschaften und
M. Sc. Bioinformatik)
2
seit Wintersemester 2017/18Spezielle Pflanzenzüchtung
(B. Sc. Agrarwissenschaften)
1
seit Sommersemester 2017Agrarinformatik
Vorlesung und Übungen
(B.Sc. Agrarwissenschaften,)
4

Wissenschaftlicher Werdegang

ZeitraumTätigkeitEinrichtung
seit 08/2017ScientistMartin-Luther-University Halle-Wittenberg, Institute of Agricultural and Nutritional Sciences
04/2016 - 07/2017Postdoctoral Research ScientistIPK Gatersleben
(Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research)
12/2012 - 03/2016Research Scientist (PhD Student)IPK Gatersleben
06/2012 - 12/2012Research ScientistFrench National Institute of Agricultural Research, Clermont-Ferrand und Umgebung, Frankreich
04/2010 - 05/2012Research Scientist (PhD Student)IPK Gatersleben
03/2009 - 03/2010Data ScientistIPK Gatersleben
Ausbildung
2013 -2016Dr. rer. nat.Friedrich-Schiller-Universität Jena, Faculty of Biology and Pharmacy
2003 -2009Diplom BioinformatikMartin-Luther-Universität Halle-Wittenberg

Mitgliedschaften

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