Homepage von Dr. Thomas Schmutzer
Inhalt
Wissenschaftlicher Leiter der Arbeitsgruppe Züchtungsinformatik (ZIT), die der Professur für Pflanzenzüchtung zugeordnet ist. Als Postdoc und Bioinformatiker mit Expertise in der Datenanalyse im ‚High-Throughput Sequencing' (HTS) für die Pflanzen- und Agrargenomik, habe ich meinen Fokus in den vergangenen Jahren der Genomforschung gewidmet. Ein Schwerpunkt galt hierbei den Kulturpflanzen Gerste, Roggen und Raps. Aktuell unterstütze ich die Auswertung von HTS-Daten (z.B. Exome capture, RNA-Seq oder SNP Genotyping) in Projekten zu den HEB-25 und WM800 Populationen von Gerste bzw. Weizen oder begleite die Analysen in Forschungskooperationen innerhalb (z.B. mit dem ZNS) und außerhalb (z.B. IPK Gatersleben) der MLU. Als Dozent bin ich in die Lehre für BSc und MSc Studenten der Agrarwissenschaft eingebunden.
Forschungsinteressen
- Genom & Transkriptom Analysen
- Single Cell RNA-seq Analysen
- Oxford Nanopore Long-Read Sequenzierung
- Diversitätsanalyse & Entwicklung von Marker-Assays
- Datenvisualisierung
Projekte und Publikationen
Abschlussarbeiten für Studierende
Themen für Master- & Bachelorarbeit (Datenanalyse)
Sie sind technisch versiert, interessiert an Sequenziertechnologien und besitzen Erfahrung in der Progammierung (z.B. Python, R, Perl). Noch dazu sind Sie begeisterungsfähig, hochmotiviert und suchen ein anspruchsvolles Thema für ihre Abschlussarbeit? Wir haben verschiedene Fragestellungen im Bereich der Long-Read Sequenzierung mittels Oxford Nanopore Technologie (z.B. Detektion struktureller Variationen, neuartiger Transkripte oder Haplotypbildung). Für weitere Informationen nehmen Sie gern in Kontakt mit uns auf (Email: thomas.schmutzer@landw.uni-halle.de). Unser MinION wartet!