Kontakt
MLU Halle-Wittenberg, IAEW
AG Biometrie und Agrarinformatik
Dr. Thomas Schmutzer
Telefon: +49 (0) 345 55 22 692
thomas.schmutzer@landw.uni-...
Raum E.05
Karl-Freiherr-von-Fritsch-Str. 4
06120 Halle
ORCID:
http://orcid.org/0000-0003-1073-6719
Homepage von Dr. Thomas Schmutzer
Inhalt
Wissenschaftler in der Arbeitsgruppe Biometrie und Agrarinformatik, die der Professur für Pflanzenzüchtung zugeordnet ist. Als Postdoc und Bioinformatiker mit Expertise in der Datenanalyse im ‚High-Throughput Sequencing' (HTS) für die Pflanzen- und Agrargenomik, habe ich meinen Fokus in den vergangenen Jahren der Genomforschung gewidmet. Ein Schwerpunkt galt hierbei den Kulturpflanzen Gerste, Roggen und Raps. Aktuell unterstütze ich die Auswertung von HTS-Daten (z.B. Exome capture, RNA-Seq oder SNP Genotyping) in Projekten zu den HEB-25 und WM800 Populationen von Gerste bzw. Weizen oder begleite die Analysen in Forschungskooperationen innerhalb (z.B. mit dem ZNS) und außerhalb (z.B. IPK Gatersleben) der MLU. Als Dozent bin ich in die Lehre für BSc und MSc Studenten der Agrarwissenschaft eingebunden.
Forschungsinteressen
- Genom & Transkriptom Analysen
- Single Cell RNA-seq Analysen
- Oxford Nanopore Long-Read Sequenzierung
- Diversitätsanalyse & Entwicklung von Marker-Assays
- Datenvisualisierung
Projekte und Publikationen
Abschlussarbeiten für Studierende
Themen für Master- & Bachelorarbeit (Datenanalyse)
Sie sind technisch versiert, interessiert an Sequenziertechnologien und besitzen Erfahrung in der Progammierung (z.B. Python, R, Perl). Noch dazu sind Sie begeisterungsfähig, hochmotiviert und suchen ein anspruchsvolles Thema für ihre Abschlussarbeit? Wir haben verschiedene Fragestellungen im Bereich der Long-Read Sequenzierung mittels Oxford Nanopore Technologie (z.B. Detektion struktureller Variationen, neuartiger Transkripte oder Haplotypbildung). Für weitere Informationen nehmen Sie gern in Kontakt mit uns auf (Email: thomas.schmutzer@landw.uni-halle.de). Unser MinION wartet!
Lehrtätigkeit
| Zeitraum | Modul | SWS |
|---|---|---|
| seit Wintersemester 2017/18 | Biometrie III und Grundlagen der Genominformatik (M. Sc. Agrarwissenschaften und M. Sc. Bioinformatik) | 2 |
| seit Wintersemester 2017/18 | Spezielle Pflanzenzüchtung (B. Sc. Agrarwissenschaften) | 1 |
| seit Sommersemester 2017 | Agrarinformatik Vorlesung und Übungen (B.Sc. Agrarwissenschaften,) | 4 |
Wissenschaftlicher Werdegang
| Zeitraum | Tätigkeit | Einrichtung |
|---|---|---|
| seit 08/2017 | Scientist | Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, Institute of Agricultural and Nutritional Sciences |
| 04/2016 - 07/2017 | Postdoctoral Research Scientist | IPK Gatersleben (Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research) |
| 12/2012 - 03/2016 | Research Scientist (PhD Student) | IPK Gatersleben |
| 06/2012 - 12/2012 | Research Scientist | French National Institute of Agricultural Research, Clermont-Ferrand und Umgebung, Frankreich |
| 04/2010 - 05/2012 | Research Scientist (PhD Student) | IPK Gatersleben |
| 03/2009 - 03/2010 | Data Scientist | IPK Gatersleben |
| Ausbildung | ||
| 2013 -2016 | Dr. rer. nat. | Friedrich-Schiller-Universität Jena, Faculty of Biology and Pharmacy |
| 2003 -2009 | Diplom Bioinformatik | Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg |
Mitgliedschaften
| Organisation | Zeitraum |
|---|---|
| seit 2010 | |
| seit 2019 | |
| seit 2021 | |
| seit 2022 |